Adaptado do famoso mangá e anime, a trama conta a historia de dois irmãos que, depois de perderem sua mãe, Alphonse e Edward Elric tentam trazê-la de volta usando uma técnica proibida de alquimia, mas, para isso, eles precisam dar algo em troca. Como consequência, Ed perde sua perna e Al perde seu corpo. Para impedir que a alma de Al vague incorpórea, Ed sacrifica um braço para prendê-la dentro de uma grande armadura. Visando recuperar seus corpos, os dois irmãos iniciam a busca da lendária Pedra Filosofal.