Finalmente, chegou o dia de Houtarou, Rinne Kudo e os outros se formarem na Escola Furasu. Com memórias insubstituíveis da vida escolar e da Academia Alquimista em seus corações, eles terminam a cerimônia de formatura e partem para novos caminhos... ou pelo menos era o que deveriam. De repente, o mesmo tempo se repete, e Houtarou e os outros não conseguem escapar do ciclo. Por algum motivo, Supana Kurogane é o único ciente dessa situação. Qual é a razão para esse fenômeno anormal? É uma química desconhecida que está controlando o fluxo do tempo ou é algo mais? Qual é a verdade chocante que Spanner, Houtarou e os outros finalmente descobrem?